Abgesehen daß dies hier ein Forum für Onlinebanking ist und die Zinsberechnung von Banken absolut nichts mit Onlinebanking oder "SEPA allgemein" zu tun hat, würde ich sagen, daß Deine Überlegung abolut richtig ist. Wenn Du AM 31. eine Gutschrift und AM 31. die Belastung auf dem Konto hast, dann dürfte kein Überziehungszins berechnet werden. Denn der Überziehungszins wird ja auf den Tagesendsaldo berechnet, und der ist > 0, wenn der Eingang größer als der Abgang ist. Es sei denn, der Kontosaldo war schon am 30. unter Null.
Wenn die Bank Zinsen berechnet hat, obwohl der Tagesendaldo vom 30. und 31. jeweils über Null lag, dann würde ich mal mit dem zuständigen Betreuer bei der Bank reden, der soll diese Frage beantworten. Letztlich kann nur die einzelne Bank sagen, was sie wie berechnet.